Se seu site é bem conhecido, ou tornou-se alvo de pessoas invejosas, ou de pessoas que querem experimentar formas de ataques, você deve se proteger contra isso. Uma boa opção é o firewall do Apache, modSecurity (Open Source).

Este módulo funciona como uma parede de fogo (firewall), e trabalha com semelhança do mod_rewrite.
Veja o artigo completo em Inglês
http://www.askapache.com/htaccess/mod_security-htaccess-tricks.html
Site do Módulo
http://www.modsecurity.org/index.php